生物安全柜的作用和实验室通风柜的作用类似，生物安全柜中安全处理样本的实验操作过程中需要注意以下几点：
1. 当使用皮下(皮肤下面)注射针头和注射器的时候，应仅限于从隔膜塞住的试管中取出液体或给动物接种。切勿将皮下(皮肤下面)注射针头从注射器中取出或重新盖上盖子，以防止意外的自我接种。
2. 在使用移液器进行样本处理时，移液器应轻轻按压，并用吸头抵住离心管或试管内壁，缓慢进行移液操作，防止样本外溢。
3.在处理样本前和处理样本完成后，所有工作台区域都应进行严格的消毒，以确保实验及实验室安全。
4.实验室工作人员应穿戴防护设备,如：口罩、面罩、呼吸器、眼罩、隔离服、防护服、手套、鞋套等，在离开实验室前应将其取下。以避免因服装因素索造成的生物污染。实践证明，眼罩或面罩的防护也是值得重视的，它们往往可以防止因意外接触面部或眼睛而导致的粘膜感染。
5.实验过程中应当实时检查试管盖是否处于密封状态，因为在涡旋混合器、超声波清洗机、高速离心机等仪器中进行混合样本处理过程中会产生气溶胶或液滴。
6.由于气溶胶的产生是实验室生物污染的重要来源，有些实验室也会通过使用含有荧光素的假样本来检测气溶胶的产生路径以评估其传播水平。
7.生物安全柜使用中出现任何意外溢出的生物样本都应立即使用消毒剂进行严格的清洁。
8.工作完成后，应将受污染的材料放入生物危害容器或高压灭菌处理并完成，对于可重复使用的实验室设备例如移液器、试管架等应立即进行消毒。
